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FMO計算法:入門から創薬への応用まで

ハンズオン講習会 --『FOCUSスパコンでのFMO計算の実際』と『”たんぱく質-小分子リガンド”複合体のFMO計算のコツ』--

フラグメント分子軌道法(FMO法)では、量子力学に基づいたタンパク質-リガンド間の相互作用エネルギーが求められるため、構造ベース創薬のための「古典力場では得られない重要な情報」が提供されます。

今回の講習会では、1日目に初心者向けにABINIT-MPとBioStation Viewerを用いたFMO計算の実際を体験します。2日目には”タンパク質‐小分子リガンド”複合体におけるFMO計算に関して、つまずきやすい点を取り上げ解決策を解説します。両日とも講義と実習で学ぶ実践的な内容となってます。

なお実習では「FOCUSスパコン」を用いるため、FOCUSスパコンの概要に関する講義も含まれます。

日程 2018年8月9日(木)、8月10日(金)
両日 10:00~17:00(受付開始 9:45~)
両日とも午後の部は12:30からの開始となります。
場所

公益財団法人計算科学振興財団(FOCUS) 実習室【アクセス

神戸市中央区港島南町7-1-28 計算科学センタービル

ポートライナー「京コンピュータ前駅」より徒歩3分

対象者 主として次のような方を対象とします。

1)”タンパク質‐小分子リガンド”複合体のFMO計算に興味をお持ちの方
2)FMO法に興味はあるが、これまでほとんど経験のない方
3)ABINIT-MPとBioStation ViewerによるFMO計算に興味のある方
4)ABINIT-MPのインストール手順について知りたい方
5)FMO計算における基底の選び方や、計算がエラーで中途終了した際の対応に不安のある方
6)リガンドのフラグメント分割について詳しく知りたい方
内容
1日目午前: Linux mini講習会(初心者向;参加は任意、Linuxのコマンドライン操作に不慣れな方を対象)
1日目午後: 「FMO法」の理論(入門編)、ABINIT-MPとBioStation Viewerを用いたFMO計算の実際(初心者向)、ABINIT-MPのインストール方法
2日目午前: FOCUSスパコンの概要、ABINIT-MPによるFMO計算の「ベンチマーク」と「FOCUSスパコンにおけるシステム・並列コア数の選択」
2日目午後: 「FMO法」の理論(中級編)、FMO計算のトラブルシューティング、手動フラグメント分割(中級者向)
受講料 無料(定員10名)
申込方法

下の申込フォームよりお申込みください。部分的な参加も歓迎します。「質問等」欄に専門分野(計算科学、創薬・合成化学、構造生物学、その他該当する分野全て)を明記のこと。

【締切】8月8日(水)
先着順にて、事務局よりご連絡いたします。

なお、開催にあたって、参加者情報は講演者に提供されます。
【問い合わせ先】神戸大学計算科学教育センター事務局:fmo-contact@eccse.kobe-u.ac.jp

主催等 主催:神戸大学計算科学教育センター 共催:CBI学会FMO研究会
協賛:(公財)計算科学振興財団 後援: ㈱モルシス、㈱富士通九州システムズ

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